Sự nghiệp huấn luyện của ông bắt đầu tại một đội bóng thi đấu ở giải K League là Hyundai Horang-i từ năm 1991-1994. Đến tháng 1 năm 1997, ông trở thành huấn luyện viên trưởng của đội tuyến bóng đá quốc gia Hàn Quốc dẫn dắt đội tuyển tại Giải vô địch bóng đá thế giới 1998. Tuy nhiên, thất bại thảm hại 0-5 trước đội tuyển Hà Lan trong trận đấu thứ hai đã khiến Cha Bum-kun bị sa thải. Sau đó, ông đã đổ lỗi cho Hiệp hội bóng đá Hàn Quốc (KFA) về kết quả tồi tệ của đội bóng, với lý do thiếu các khoản tiền thưởng. Các trận đấu chuyên nghiệp tại Hàn Quốc sau đó đã được thay đổi nhưng KFA cũng đã đưa ra một lệnh cấm trước những phát ngôn của ông với thời gian 5 năm không được dẫn dắt các đội bóng tại Hàn Quốc, buộc ông và vợ đã phải ra nước ngoài.

Sau 18 tháng huấn luyện Thâm Quyến Bình An ở Trung Quốc, ông chuyển sang công việc mới là bình luận viên của MBC. Chỉ đến cuối năm 2003, ông mới trở lại công tác huấn luyện khi nhận được lời đề nghị từ Suwon Samsung Bluewings. Thành công đã đến ngay lập tức khi câu lạc bộ của ông vô địch K League 2004, thành tích mà ông nhận định là còn hơn cả khi nâng chiếc Cúp UEFA vào năm 1988. Ông rời đội bóng vào ngày 6 tháng 6 năm 2010.